Situata a 348 metri sul livello del mare, la grotta rappresenta principalmente un complesso mondo sotterraneo, modellato dall’erosione delle acque e che si estende per diversi chilometri all’interno del monte Craguonza. In questo straordinario ambiente naturale, la presenza umana è documentata fin da epoche remote: dai cacciatori nomadi del Neolitico, le cui tracce sono state quasi completamente cancellate dalle inondazioni del torrente sotterraneo, agli insediamenti e agli edifici sacri di epoca storica. Un tempo fortezza inaccessibile durante la dominazione romana, la grotta potrebbe essere stata successivamente utilizzata come luogo di culto ariano e, in epoca pre-longobarda, come sede di monaci bizantini. Il passaggio da un culto pagano a uno cristiano è testimoniato da indizi significativi, come la dedicazione della chiesa ai Santi Giovanni Battista ed Evangelista, una scelta spesso indicativa di precedenti eretici.